A maioria das pesoas quando instalando o Framework 3.5 esperam ver uma entrada no IIS na tab de ASP.NET a mais para o ASP.NET 3.5.
Se você também, continue lendo. Mesmo que voce tente registrar usar o aspnet_regiis -i a partir da pasta v3.5, isto não vai registrar nada no IIS. Como as versões anteriores que atualizavam o "ScriptMaps".

Observe agora a pasta de instalação do framework 3.5, voce não ira encontrar mais os arquivos de configuração para o ASP.NET (aspnet_isapi, aspnet_filter.dll / aspnet _regiis ....)

O motivo disto é que a versão 3.5 não é um "padrão", como as versões 2.0 e 1.1. A versão 3.5 é apenas uma extensão ao framework 2.0. Esta extensão
permite aos desenvolvedores novos recursos tasi como: Tipos Anonimos, Expressoes Lambda, LINQ e o AJAX agora esta integrado.

Sendo assim, para usar o ASP.NET 3.5 basta que você instale o FrameWork 3.5, para isto faça o download:

http://download.microsoft.com/download/6/0/f/60fc5854-3cb8-4892-b6db-bd4f42510f28/dotnetfx35.exe

Após instalar o framework 3.5, configure seu site no IIS 6 ou IIS 7 como versão 2.0 e pronto. Todos recursos do ASP.NET 3.5 estão disponiveis para você utilizar.

Com a extensão FASTCGI no IIS 6.0 a performance de execução de cgi é maior que no modo padrão. O IIS 7.0 no Windows 2008 traz este suporte já com o sistema operacional. No IIS 6.0 é necessario baixar o pacote separadamente.

CGI são programas que são executados a cada requisição web. Quando o numero de conexões é alta, o numero de processos criado no servidor serão alto também, degradadando cada vez mais a performance.

FastCGI resolve este problema de performance, criando um mecanismo de reutilização dos processos para diversas conexões. Garantindo que cada processo ira atender apenas uma requisição por vez.

As configurações podem ser feitas no fciext.ini. Para detalhes na documentação do arquivo bem como instalação clique aqui.

Para baixar o pacote de instalação FAST CGI para o IIS 6.0 clique aqui.

- O ASP.NET 2.0 é facilmente habilitado no IIS 7 pois ja acompanha o sistema operacional. Bastando para habilita-lo
selecionar o componente "ASP.NET" na lista de componentes abaixo da categoria "Applicaiton Development Features".

- Já o ASP.NET 1.1 não acompanha o WIndows Vista e o Windows 2008, sendo necessário a instalação manual. Para isto siga os passos abaixo:

Antes de instalar o pacote do framework 1.1, existe um pre-requisito, instalar a compatibilidade do metabase com IIS 6.
Para isto no Windows Server 2008, clique em "Start" e "Server Manager". Clique em Server Manager, Manage Roles, e então. IIS. Do lado
direito na area "Add Role Services". Confirme se esta marcado o "IIS Metabase Compatibility", caso não esteja, marque.

No vista clique em Start / Run / Digite OptionalFeatures, para instalar a compatibilidade do metabase.

Neste ponto já podemos proseguir com a instalação do FrameWork 1.1. Os links para download estão logo abaixo:

Framework 1.1 Redistributable Package

Framework 1.1 Service Pack 1

ASP.NET Security Update for ASP.NET 1.1

Observe que após a instalação do Framework 1.1, é necessario a instalação do Service Pack 1 obrigatoriamente, caso contrario, ira acontecer problemas de queda inesperada de worker process.

Agora já temos instalado a compatibilidade do metabase do Framework 1.1 instalado. Vamos para o proximo passo habilitar o ASP.NET 1.1

Para habilitar o ISAPI do ASP.NET 1.1 abra a console do IIS Manager. No modo de visualização "Features", clique em "ISAPI and CGI Restrictions".
No Painel de Ações clique em "Add".

Agora complete com:
 Extension: C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v1.1.4322\aspnet_isapi.dll (Depende de sua instalação do Windows)
 Description: ASP.NET v1.1

Se voce estiver usando a configuração do IIS em arquivos web.config, o ASP.NET 1.1 irá apresentar problemas. Para evitar estes erros é necessário
configurar o Machine.config do Framework 1.1, fazendo com que ele ingore as sessões de configuração do IIS. Para isto abra o machine.config,
localizado no diretorio (%windir%\Microsoft.NET\Framework\v1.1.4322\config\machine.config).

E adicione o seguinte codigo logo abaixo do elemento: <configSections>

<section name="system.webServer" type="System.Configuration.IgnoreSectionHandler,
    System, Version=1.0.5000.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089" />
</configSections>

Agora já temos o IIS 7.0 pronto para executar paginas ASP.NET 1.1 !

Para configurar um site para executar ASPNET 1.1:

appcmd set app "Default Web Site/" /applicationPool:"ASP.NET 1.1"

Para criar um novo Application Pool usando o Framework 1.1 voce pode usar o comando:
appcmd add apppool /name:"NewPool"  /managedRuntimeVersion:"v1.1"

Para maiores informações use a documentação online.