Одна из интересных особенностей встроенной системы аудита MOSS 2007 - отсутствие каких-либо встроенных средств для очистки списка событий аудита. Единственный найденный мною способ очистки - программный. Для задач в текущем проекте была написана утилита, которая очищает все события.
Код достаточно простой:

    public class AuditProgram
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            Console.WriteLine();
            Console.WriteLine("PkUtil Version " + System.Reflection.Assembly.GetExecutingAssembly().GetName().Version.ToString());
            Console.WriteLine("Copyright (c) 2007 Pavel Kalyakin, Microsoft Consulting Services Russia. All Rights Reserved");

            if (args.Length < 1)
            {
                Console.WriteLine("valid URL should be supplied.");
                Console.WriteLine("example - audit.exe \"http://test\"");
                return;
            }
            string startSite = args[0];
            Console.WriteLine("connecting to: {0}", startSite);
            SPSite site = null;
            try
            {
                site = new SPSite(startSite);
                if (site != null)
                {
                    try
                    {
                        Console.WriteLine("successfully connected to {0}", startSite);
                        site.Audit.DeleteEntries(DateTime.Now);
                        Console.WriteLine("auditing entries sucessfully deleted!");
                    }
                    catch (Exception ex)
                    {
                        Console.WriteLine("unexpected error occuried: {0}", ex.Message);
                    }
                }
            }
            catch (Exception ex)
            {
                Console.WriteLine("unexpected error occuried: {0}", ex.Message);
            }
            finally
            {
                if ( site != null )
                {
                    site.RootWeb.Dispose();
                    site.Dispose();
                }
            }
        }
    }

Следует учесть, что выполнение очистки лога аудита влечет за собой появление записи в логе аудита о факте очистки.