マイクロソフト セキュリティ サポートの斉藤です。 

WSUS で使用するデータベースを別の筐体にインストールされている SQL Server としている場合、はじめに SQL Server の筐体にインストールされている WSUS 2.0 をアンインストールする必要があります。

アンインストールはコントロールパネルのプログラムの追加と削除から行います。

その際、データベースとログデータの削除を選択できるオプションがありますが、データベースとログデータは必ず残してください。

ダウンロードされた更新ファイルを削除しても、アップグレード後に再度ダウンロードされます。

なお、WSUS 3.0 では SQL Server がインストールされているコンピュータに WSUS をインストールする必要はありません。