Un fiche support explique les méthodes supportées pour effectuer cette mise à niveau cf http://support.microsoft.com/kb/957256
Pour résumer
Effectuer une mise à niveau “in place upgrade” de la partition parente à partir de Windows Server 2008 vers Windows Server 2008 R2. Remarque Lors de la mise à niveau, le rapport sur les problèmes de compatibilité vous informe que vous devez supprimer le rôle Hyper-V en utilisant le Gestionnaire de serveur avant de poursuivre la mise à niveau. Cette opération n'est pas nécessaire. Toutefois, avant de poursuivre la mise à niveau, notez les éléments suivants :
Après avoir importé mis à niveau le serveur hôte, mettez à jour les services d'intégration. Pour ce faire, ouvrez la fenêtre Connexion à un ordinateur virtuel, puis cliquez sur le bouton d'insertion du disque d'installation des services d'intégration dans le menu Action. Remarque Sur un ordinateur Windows Server 2008 R2, les services d'intégration pour Windows Vista et Windows Server 2008 seront répertoriés dans les programmes et fonctionnalités sous le numéro « KB955484 ».
Exporter la machine virtuelle à partir d'un serveur Windows Server 2008 sur lequel Hyper-V est activé, puis importez-la vers un serveur Windows Server 2008 R2 sur lequel Hyper-V est activé. Remarque L'ordinateur virtuel doit être arrêté avant l'exportation. Si vous avez exporté l'ordinateur virtuel avec un état de mise en mémoire, vous ne pouvez pas restaurer l'ordinateur virtuel sur Windows Server 2008 R2. Pour démarrer l'ordinateur virtuel après l'avoir importé dans Windows Server 2008 R2, vous devez ignorer l'état de mise en mémoire avant de pouvoir allumer l'ordinateur virtuel. Si l'ordinateur virtuel possède des snapshots, ceux-ci doivent être fusionnés avant l'exportation ou vous devez suivre la méthode 1 pour récupérer et recréer les instantanés. Après avoir importé l'ordinateur virtuel, mettez à jour les services d'intégration. Pour ce faire, ouvrez la fenêtre Connexion à un ordinateur virtuel, puis cliquez sur le bouton d'insertion du disque d'installation des services d'intégration dans le menu Action. Remarque Sur un ordinateur Windows Server 2008 R2, les services d'intégration pour Windows Vista et Windows Server 2008 seront répertoriés dans les programmes et fonctionnalités sous le numéro « KB955484 ».
Utiliser un logiciel de sauvegarde prenant en charge le writer VSS de Hyper-V, sauvegardez un ordinateur virtuel qui exécute Windows Server 2008, puis restaurez-le vers Windows Server 2008 R2. Après avoir restauré l'ordinateur virtuel, mettez à jour les services d'intégration. Pour ce faire, ouvrez la fenêtre Connexion à un ordinateur virtuel, puis cliquez sur le bouton d'insertion du disque d'installation des services d'intégration dans le menu Action. Remarque Sur un ordinateur Windows Server 2008 R2, les services d'intégration pour Windows Vista et Windows Server 2008 seront répertoriés dans les programmes et fonctionnalités sous le numéro « KB955484 ».