Что бы этого избежать выбирайте параметризованную установку (Developer):

navdemo01

 

 

 и далее уберите NAVDEMO в поле SQL Server Instance:

 

navdemo02

 


 

P.S.

Что бы деинсталлировать SQL Server Express Edition запустите деинсталляцию (..Programs \ Unistall…) обычного SQL Server и там выберите NAVDEMO instance.

 

P.S. 2

Убедится в том, что не осталось следов Express, можно по отсутствию service SQL Server (NAVDEMO) в Services.