Upgrade Toolkit для NAV 5.0 SP1 (RU) выложен на Partnersource (доступно партнерам).
https://mbs.microsoft.com/partnersource/downloads/releases/MicrosoftDynamicsNAV50SP1.htm

Как всегда что-то по главной версии (5.0) и по W1 (международная версия) можно найти и на mibuso.com.
Dynamics NAV W1 5.0 Upgrade Toolkit: http://www.mibuso.com/dlinfo.asp?FileID=878

Подробнее про процесс функционального Upgrade в контексте Navision можно почитать в статье Стаса Песоцкого
(статья за 2003, но все описанные концепции по прежнему верны...)

Версия за версией: отстать нельзя угнаться!
http://www.bytemag.ru/articles/detail.php?ID=6649